Med endodontskim zdravljenjem se občasno zgodi, da endodontski inštrument ostane uglavljen v koreninskem kanalu in ga je treba odstranit.
Po kliničnem pregledu in analizi lokalnega RTG posnetka zoba v katerem se nahaja del endodontskega inštrumenta določimo možnost, zahtevnost in načine njegovega odstranjevanja. Zob izoliramo, delamo pa s pomočjo ročnih in ultrazvočnih inštrumentov ter kemijskih razmehčalcev trdega zobnega tkiva, pod kontrolo delovnega prostora z operativnim mikroskopom. Ko je inštrument odstranjen, nadaljuje se koreninsko zdravljenje zoba po rednem postopku.
V nekaterih primerih, odstranjevanje endodontskega inštrumenta ni možno. Odvisno od kliničnega statusa zoba, predlaga se odstranjevanje vrška korenine (apikotomija), cele korenine (resekcija) ali puljenje zoba.
